第五部是故事容量最饱满的一部，也是全书最高潮。以吕不韦于咸阳四门张挂《吕氏春秋》，公然悬赏改一字赐千金拉开序幕，李斯、蒙恬与吕不韦门客城下论战，公开驳斥《吕氏春秋》，引发朝野大论争；秦王政以“坏法乱政，蛊惑国人”之罪罢黜吕不韦，吕不韦被迫自杀于雒阳。此后正式拉开帝国创建大幕，展开四大阶段故事：第一阶段整肃军政，超拔新锐，一大批年轻将领与主政大臣形成新生代势力，同时大力建设秦国腹地的水利工程郑国渠，使秦川成天府之国；第二阶段展开统一中国的连绵大战，展开六国逐一灭亡的故事；第三阶段 ，统一架构华夏文明体系，发动彻底驱赶匈奴的阴山大战，建立万里长城与其他大型工程；第四阶段秦始皇勤政巡视天下，积劳成疾而依赖方士奇术救治，深感人生苦短，遂生求仙长生之心，第六次巡视时突然病重，死于巡狩途中（沙丘）。秦国出现巨大的权力真空，野心与阴谋蠢蠢欲动，引出第六部。大秦帝国1:黑色裂变、大秦帝国2:国命纵横、大秦帝国3:金戈铁马、大秦帝国4:阳谋春秋、大秦帝国5:铁血文明、大秦帝国6:帝国烽烟